Добавьте строку setvariable в группу [mysqld] файла /etc/my.cnf (или другого файла, в котором вы храните настройки сервера):
[mysqld]
ft_min_word_len=2
Рестарт сервера MySQL. Пересоздим индекс FULLTEXT:
mysql> ALTER TABLE wtable DROP INDEX wkey;
mysql> ALTER TABLE wtable ADD FULLTEXT (wkey);